Yogyakarta terkenal dengan keberadaan masjid besar yang bersejarah seperti Masjid Agung Kotagede dan Masjid Agung Kauman. Keduanya dibangun sebelum abad ke-19, tepatnya pada tahun 1500-an dan 1700-an.
Tapi, Yogyakarta juga memiliki masjid lain yang juga kaya dengan kisah sejarah. Tempat ibadah itu adalah Masjid Pathok Negoro yang dibangun setelah Masjid Agung Kauman berdiri, tepatnya sekitar tahun 1700-an dan 1800-an.
Keberadaan masjid ini tidak terlepas dari histori pecahan Kerajaan Mataram Islam, yakni Kasultanan Yogyakarta, yang berkuasa pada saat itu.