- Bahwa Negeri Ngajogjakarto Hadiningrat jang bersifat Keradjaan adalah Daerah Istimewa dari Negara Republik Indonesia.
- Bahwa Kami sebagai kepala daerah memegang segala kekuasaan dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat, dan oleh karena itu berhubung dengan keadaan pada dewasa ini segala urusan pemerintahan dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat mulai saat ini berada di tangan Kami dan kekuasaan-kekuasaan lainnja Kami pegang seluruhnja.
- Bahwa perhubungan antara Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat dengan Pemerintah Pusat Negara Republik Indonesia, bersifat langsung dan Kami bertanggung djawab atas negeri Kami langsung kepada Presiden Republik Indonesia. Kami memerintahkan supaja segenap penduduk dalam Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat mengindahkan Amanat Kami ini.
Amanat 5 September 1945, Kala Jogja Bergabung dengan NKRI

- Sri Sultan HB IX ucapkan selamat atas kemerdekaan hingga umumkan gabung NKRI
- Isi Amanat 5 September 1945 dari Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII
- Piagam dari Sukarno untuk Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII
Tanggal 5 September ternyata mrnjadi salah satu hari bersejarah bagi Yogyakarta. Bukan momen peperangan, melainkan momen di mana Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat mendeklarasikan diri untuk bergabung dengan Republik Indonesia. Hal ini bahkan disampaikan langsung oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII.
Yogyakarta yang bersifat kerajaan untuk menjadi bagian dari Indonesia merupakan keputusan yang tulus. Hal ini tertuang dalam Amanat 5 September 1945 yang isinya berupa penegasan bahwa daerah yang mereka pimpin telah tergabung dalam Indonesia.
1. Sri Sultan HB IX ucapkan selamat atas kemerdekaan hingga umumkan gabung NKRI

Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya pada 17 Agustus 1945. Buat sebuah negara baru, tentunya tak mudah mendapat dukungan dari pihak lain. Namun melansir laman kratonjogja.id, dua hari setelah proklamasi, Sri Sultan Hamengku Buwono IX bahkan mengirimkan telegram berupa ucapan selamat kepada para proklamator, Sukarno-Hatta beserta tokoh lain yang berada di Jakarta.
Tak berselang lama, tepatnya dua minggu setelahnya tanggal 5 September 1945, beliau bersama Paku Alam VIII, mengeluarkan maklumat yang menyatakan bahwa daerah Yogyakarta adalah bagian dari wilayah Republik Indonesia. Amanat tersebut lantas menjadi sejarah status provinsi yang melekat pada Yogyakarta.
2. Isi Amanat 5 September 1945 dari Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII

Masing-masing amanat yang dikeluarkan oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII berisi tiga poin. Isinya tidak hanya diwajibkan diikuti oleh keluarga kerajaan saja, melainkan oleh segenap penduduk Keraton Yogyakarta dan Paku Alaman.
Isi Amanat Sri Paduka Ingkang Sinuwun Kandjeng Sultan
Kami Hamengku Buwono IX, Sultan Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat menjatakan:
Amanat Sri Paduka Kandjeng Gusti Pangeran Ario Paku Alam
Kami Paku Alam VIII Kepala Negeri Paku Alaman, Negeri Ngajogjakarta Hadiningrat menjatakan:
- Bahwa Negeri Paku Alaman jang bersifat keradjaan adalah daerah istimewa dari Negara Republik Indonesia.
- Bahwa kami sebagai Kepala Daerah memegang segala kekuasaan dalam Negeri Paku Alaman, dan oleh karena itu berhubung dengan keadaan pada dewasa ini segala urusan pemerintahan dalam Negeri Paku Alaman mulai saat ini berada di tangan Kami dan kekuasaan-kekuasaan lainnja Kami pegang seluruhnja.
- Bahwa perhubungan antara Negeri Paku Alaman dengan Pemerintah Pusat Negara Republik Indonesia, bersifat langsung dan Kami bertanggung djawab atas Negeri Kami langsung kepada Presiden Republik Indonesia. Kami memerintahkan supaja segenap penduduk dalam Negeri Paku Alaman mengindahkan Amanat Kami ini.
3. Piagam dari Sukarno untuk Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII

Setelah dikeluarkannya Amanat 5 September 1945 tersebut, para pendiri Indonesia mengeluarkan piagam penetapan dalam rangka penghormatan kepada dua Keraton Yogyakarta dan Paku Alaman yang ditandatangani Presiden RI, Ir Sukarno, yang sejatinya sudah dikeluarkan sejak 19 Agustus 1945.
Piagam penetapan pun secara resmi diserahkan pada Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII pada 6 September 1945. Isinya adalah,
”Piagam Kedudukan Sri Paduka Ingkeng Sinuwun Kangjeng Sultan Hamengku Buwono IX, Kami Presiden Republik Indonesia, menetapkan: Ingkeng Sinuwun Kangjeng Sultan Hamengku Buwono, Senopati Ing Ngalogo, Abdurrahman Sayidin Panotogomo, Kalifatullah Ingkang Kaping IX Ing Ngayogyakarta Hadiningrat, pada kedudukannya, dengan kepercayaan bahwa Sri Paduka Kangjeng Sultan akan mencurahkan segala pikiran, tenaga, jiwa dan raga, untuk keselamatan Daerah Yogyakarta sebagai bagian daripada Republik Indonesia.".
Selanjutnya pada 30 Oktober 1945, kedua pemimpin daerah tersebut mengeluarkan amanat kedua yang menyatakan bahwa pelaksanaan Pemerintahan di Daerah Istimewa Yogyakarta akan dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII secara bersama-sama Badan Pekerja Komite Nasional. Dengan adanya amanat dan piagam dari pusat, status hukum Yogyakarta berubah secara fundamental dari daerah swapraja menjadi Daerah Istimewa sesuai amanat Pasal 18 UUD 1945.
4. Yogyakarta yang menjadi ibu kota sementara

Keseriusan Yogyakarta menjadi bagian dari Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) terlihat saat pasukan sekutu kembali berusaha menyerang Indonesia. Jakarta saat itu chaos sehingga Sri Sultan Hamengku Buwono IX menawarkan Yogyakarta sebagai ibukota sementara. Ia mengundang para petinggi Indonesia saat itu untuk pindah dan berkantor daerah kekuasaannya.
Tak sekadar menyediakan tempat. Sri Sultan Hamengku Buwono IX juga memberikan dukungan secara finansial. Dikutip dari laman kratonjogja.id, segala urusan pendanaan diambil dari kas keraton. Hal ini meliputi gaji Presiden/ Wakil Presiden, staff, operasional TNI hingga biaya perjalan dan akomodasi delegasi-delegasi yang dikirim ke luar negeri.