Di perjalanan, awak bus harus mengukur suhu tubuh penumpang 30 menit sebelum sampai di terminal dan penumpang harus menyerahkan data manifest termasuk nomor handphone penumpang kepada petugas terminal.
Bus yang sudah sesuai dengan protokol dapat melanjutkan perjalanannya, sedangkan yang belum sesuai maka akan dicatat dan disampaikan ke Dirjen Perhubungan Darat.
Jika dalam keadaan darurat penumpang ada yang meninggal dunia di dalam bus maka seluruh penumpang termasuk awak bus dinyatakan sebagai pasien dalam pengawasan (PDP).
Itulah protokol masuk ke DIY melalui perbatasan yang dibagikan Dinas Perhubungan DIY. Meskipun memberikan informasi protokol ini, Dinas Perhubungan DIY tetap mengimbau agar masyarakat menunda kepergiannya masuk ke Yogyakarta hingga pandemik berakhir.
"Tetapi, sekarang kita lebih baik #DiRumahAja dulu supaya semua orang tetap sehat dan selamat. Kalo pandemi ini udah berakhir, #SobatBerkendara bisa ke Yogyakarta lagi...," tulis akun Instagram Dinas Perhubungan DIY di akhir caption infografis protokolnya.