PSS melakukan pergantian pemain pada awal babak kedua. Matheus Fornazari masuk menggantikan Moussa Bagayoko dengan harapan mampu menambah daya gedor tuan rumah. Namun baru dua menit pertandingan berjalan, Madura United kembali mencetak gol. Danilo Santacruz menggandakan keunggulan tim tamu.
Keunggulan tim tamu ditambah oleh Santacruz yang memanfaatkan umpan terobosan Hugo Gomes yang menjadikannnya gol kedua pada menit ke-47.
Tuan rumah mencoba meningkatkan tekanan. Stefan Ashkovski sempat mengirimkan umpan silang dari sisi kiri pada menit ke-51, tetapi bola dengan mudah dipatahkan pertahanan Madura United. Peluang lain hadir enam menit berselang. Sepak pojok Riko Simanjuntak diarahkan ke area tengah gawang, tetapi pemain Madura United masih mampu mengamankannya.
PSS mendapatkan kesempatan terbaiknya pada menit ke-58. Riko kembali menjadi kreator melalui umpan lambung dari belakang. Matheus Fornazari menyambutnya dengan sundulan yang mengarah tepat ke gawang, tetapi Angga Saputro berhasil melakukan penyelamatan.
Alih-alih memperkecil ketertinggalan, PSS kembali kebobolan pada menit ke-67. Mitkov mencetak gol keduanya dalam pertandingan sore ini. Gol ketiga Madura United berawal dari umpan lambung Danilo Santacruz dari lini belakang. Setelah menerima bola, Santacruz mengirimkan umpan pendek kepada Mitkov yang kemudian menyelesaikannya menjadi gol.