Persiba Bantul kembali tampil agresif pada babak kedua. Tim Laskar Sultan Agung mengawalinya dengan menebar ancaman ke gawang Waanal Brothers FC pada menit ke-48. Persiba nyaris menambah pundi gol andai tandangan spekulasi Alan Nuri gagal dimentahkan kiper Ade Candra.
Kejutan terjadi pada menit ke-63. Persiba Bantul mencetak gol kedua lewat kontribusi Rahmatullah. Bek muda berusia 20 tahun itu mencatatkan namanya di papan skor setelah memanfaatkan umpan sepak pojok Alan Nuri.
Namun, Waanal Brothers FC memberikan perlawanan. Mereka akhirnya memperkecil kedudukan lewat gol Bahari Kurniawan pada menit ke-68. Gol ini tercipta melalui skema counter attack.
Persiba Bantul pun enggan mengalah. Mereka juga membalas dengan mencetak gol ketiga lewat determinasi Sandi Samosir pada menit ke-71. Bahkan, jumlah gol Persiba kian bertambah setelah Fadistya Mahendra menjebol gawang Waanal Brothers FC pada menit ke-84.
Waanal Brothers FC kembali membalas selang dua menit kemudian. Mereka mencetak gol lewat penyelesaian akhir Andryansyah. Hanya saja, gol ini gagal menyelamatkan mereka dari kekalahan 2-4 melawan Persiba Bantul hingga laga selesai.