Momen perjanjian Roem Royen (commons.wikimedia.org/Rijksmuseum)
Sejarah Yogya Kembali terwujud atas sebuah perjanjian yang disebut Roem Royen. Perjanjian ini dilaksanakan mulai 14 April 1949 sampai 7 Mei 1949, yang dilakukan di Hotel Des Indes, Jakarta. Pada saat itu, delegasi Indonesia diwakilkan oleh Mohammad Roem dan dari Belanda yaitu Herman Van Royen.
Perjanjian Roem Royen juga berhasil dilakukan berkat adanya keberhasilan Indonesia atas Serangan Umum 1 Maret 1949 di mana TNI secara tiba-tiba menyerang Belanda saat mereka dalam keadaan tidak siap. Dalam pertempuran tersebut, Yogyakarta berhasil direbut selama waktu enam jam. Kendati, Belanda menguasai kembali karena datangnya bantuan dari Magelang dan Surakarta.
Meski hanya beberapa jam, Serangan Umum 1 Maret memiliki peran dan efek besar. Ini adalah tanda Indonesia belum 'selesai' dan mengupayakan kedaulatan mereka.
Pasca serangan ini, Belanda ingin kembali menyerang Indonesia. Namun dunia internasional terus mendesak Belanda dan Indonesia untuk menyelenggarakan perundingan perdamaian. Hingga akhirnya, keluarlah Perjanjian Roem Royen di mana Indonesia bersedia memenuhi tiga hal, yaitu:
Pertama, mengeluarkan perintah kepada pengikut Republik Indonesia yang bersenjata untuk menghentikan perang gerilya.
Kedua, bekerja sama mengembalikan perdamaian dan menjaga ketertiban dan keamanan.
Ketiga, turut serta dalam Konferensi Meja Bundar di Den Haag, Belanda, dengan tujuan mempercepat penyerahan kedaulatan Negara Indonesia Serikat tanpa syarat apapun.
Sedangkan Delegasi Belanda juga menyatakan sepakat terhadap lima butir perjanjian yang isinya:
Pertama, menyetujui kembalinya Pemerintahan RI ke Yogyakarta.
Kedua, menjamin penghentian gerakan-gerakan militer dan membebaskan semua tahanan politik.
Ketiga, tidak mendirikan atau mengakui negara-negara yang ada di wilayah kekuasaan RI sebelum 19 Desember 1948.
Keempat, menyetujui keberadaan Republik Indonesia sebagai bagian dari Negara Indonesia Serikat.
Kelima, berusaha menggelar KMB segera diadakan setelah pemerintah Republik Indonesia kembali ke Yogyakarta
Berdasar perjanjian tersebut, seluruh pasukan Belanda lantas ditarik dari Yogyakarta yang dilaksanakan pada 29 Juli 1949. Mereka diangkut menggunakan kereta api yang diberangkatkan dari Stasiun Yogyakarta.