Sejarah Yogyakarta tak bisa dilepaskan dari histori Kasultanan Yogyakarta. Kisah keduanya berkelindan satu sama lain sehingga menciptakan cerita asal-usul serta berkembangnya wilayah yang kini dikenal dengan sebutan Kota Pelajar ini.
Hal yang sama juga terjadi di provinsi seberang pulau, yaitu Kalimantan Barat. Di sana berdiri Kesultanan Kadriyah Pontianak yang sejarahnya bersinggungan dengan asal mula berdirinya Kota Pontianak.