Rektor UMY, Gunawan Budianto. IDN Times/Daruwaskita
Sejumlah prestasi juga diraih oleh kampus bebas asap rokok ini. Pada tahun 2012 mendapatkan penghargaan Indonesia Green Award atau IGA dengan kategori green kampus. Penghargaan ini bahkan langsung diberikan oleh Menteri Kehutaran RI kala itu yaitu Zulkifli Hasan.
Prestasi puncak yang diraih oleh UMY yakni pada tahun 2013 yang mendapatkan Surat Keputusan dari Badan Akreditasi Nasional - Perguruan Tinggi No. 061/SK/BAN-PAN/Ak-IV/PT/II/2013, UMY ditetapkan sebagai universitas yang terakreditasi A. UMY pun kini bisa sejajar dengan UI dan UGM sebagai PTN yang telah punya nama besar di masyarakat Indonesia.
Prestasi lain yang berhasil diraih UMY yakni pada tahun 2013 mendapatkan rekor MURI Pemrakasa Pembuatan Kubus Bergambar Pita Autisme dari Rangkaian Puzzle Terbanyak. Di tahun yang sama UMY juga mendapatkan penghargaan Indonesia Green Award kategori pelestari energi terbarukan. Masih di tahun 2013, UMY meraih rekor MURI penciptaan 1.000 investor.
Pada tahun 2014 UMY kembali meraih Indonesia Green Award kategori green kampus. Masih ditahun 2014, UMY meraih rekor MURI rangkaian pita AIDS berukuran raksasa di Kampus UMY dan juga meraih rekor MURI mengenakan batik di gunung tertinggi. Pada tahun 2015 UMY juga melaih QS Star Facilities bintang 5, meraih QS Star social responsibility, QS Star teaching, QS Star employability, rekor MURI pencapaian investor reksadana syariah terbanyak dalam satu perguruan tinggi.
Dan pada tahun 2018, UMY kembai meraih akreditasi A. Tak hanya itu akreditasi A yang diraih UMY ini juga mengalami peningkatan skor signifikan yakni 369 berdasarkan sistem akreditasi perguruan tinggi online (Sapto) yang juga pertama kalinya diikuti UMY. Masih di tahun yang sama kontingen PIMNAS UMY berhasil meraih peringkat ke 4 PTS Nasional. Selain itu juga peringkat ke 16 Perguruan Tinggi se Indonesia.
Pada tahun 2019 UMY masuk jajaran rangking RD top PT non-vokasi di Indonesia yang dikeluarkan oleh Kemenristekdikti. UMY pada tahun 2019 juga menjadi top perguruan tinggi Muhammadiyah pertama di Indonesia. Masih ditahun 2019, UMY meraih sertifikasi ISO 9001:2015 yang diberikan pada bulan Februari 2019. Melalui sertivikasi tersebut UMY dapat memastikan manajemen yang dimiliki sudah dapat menghasilkan penerapan Catur Dharma yang sesuai visi misi UMY.