Rute Candi Borobudur dibagi menjadi dua, yaitu melalui Nanggulan dengan jadwal operasional dari YIA ke Candi Borobudur mulai pukul 07.00 WIB sampai 21.00 WIB, dan dari Candi Borobudur ke YIA mulai pukul 05.00 WIB sampai 19.00 WIB. Rute yang dilalui dari YIA adalah Wates, menuju Nanggulan, lalu Dekso, dan sampai ke Candi Borobudur.
Sedangkan rute satunya adalah melalui Gunung Gajah, jadwalnya dari YIA ke Candi Borobudur mulai pukul 7.30 WIB sampai 21.30 WIB, dan dari Candi Borobudur ke YIA mulai pukul 4.00 WIB sampai 18.00 WIB. Rute yang dilalui menuju ke Candi Borobudur adalah tebing Gunung Gajah, menuju ke Gua Kiskendo, lalu ke Plono, ke Samigaluh, ke Jl. Nanggulan, ke Mendut, dan sampai ke Candi Borobudur.
Tarifnya baik melalui Nanggulan maupun Gunung Gajah adalah Rp21.000, dan armada akan datang setiap 30 menit sekali.