Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) juga dikenal mempunyai beberapa tempat religi yang banyak dikunjungi. Antara lain Gua Maria Sendagsono yang berada di Kulon Progo, Gua Maria Tritis yang berada di Paliyan, Gunungkidul, dan di Kabupaten Bantul terdapat Gereja Ganjuran.
Di wilayah Kabupaten Sleman terdapat Gua Maria Sendang Jatiningsih. Terletak di Sumberarum, Moyudan, tempat selalu ramai menjadi tujuan wisata rohani terutama saat Bulan Maria dan menjelang Natal.