Ilustrasi SMA N 3 Yogyakarta (Dok. BPCB DIY 2018)
Bertempat di Jalan Yos Sudarso Nomor 7, Kotabaru, Kapanewon Gondokusuman, SMA Negeri 3 Yogyakarta, dulu dikenal sebagai Algemene Middlebaar School (AMS). Bangunan yang digunakan sekolah ini berdiri pada tahun 1919, bersamaan dengan pembangunan Kotabaru sebagai permukiman untuk orang Belanda.
Menurut laman jogjacagar.jogjaprov.go.id, AMS pada saat itu terbagi dalam dua bagian, yakni AMS A yang memiliki konsentrasi studi bidang budaya atau Culturewetenschapen dan AMS B, yang konsentrasi pada ke Ilmu Pengetahuan Alam atau Natuurwetenschappelijke Afdeeling.
Pada tahun 1947, sekolah tersebut sempat ditutup karena adanya agresi Belanda. Selanjutnya di tahun 1949, digunakan kembali sebagai markas tentara Belanda.