Prof. KH. Abdul Kahar Muzakkir semasa kecil tinggal di kawasan Kotagede yang lingkungannya memiliki tingkat keislaman kuat. Ia mendapatkan limu-ilmu Islam dari keluarganya, termasuk ayahnya yang masih keturunan Kyai Hasan Busyairi, seorang pemimpin tarekat Syattariyah yang berjuang bersama Pangeran Diponegoro.
Muzakkir memulai jenjang pendidikannya di Sekolah Dasar Muhammadiyah Kotagede, lalu melanjutkan ke Pesantren Jamseren Solo dan Pesantren Tremas Pacitan.
Setelah lulus sekolah, Muzakkir melanjutkan studi ke Kairo. Ia lulus dengan berbagai bidang seperti hukum Islam, hingga bahasa Arab.
Pada tahun 1933 di Kairo, Muzakkir mendirikan sebuah Perhimpunan Indonesia Raya dan menjadi salah satu pemimpinnya, sehingga ia berkecimpung di berbagai gerakan Islam dunia. Ia juga pernah menjadi redaktur koran Al-Tsaurah dari Palestina.
Karena kemampuan politiknya yang baik saat di Kairo, orang-orang Timur Tengah jadi mengenal Indonesia dan menjadikan Muzakkir sebagai seorang tokoh yang melambangkan Indonesia di Timur Tengah.