SMAN 3 Yogyakarta (kebudayaan.kemdikbud.go.id)
Pada tahun 1946 atau 1947, sekolah bagian A dan B dipisah karena terlalu banyak murid. Sekolah bagian A lantas berada di Jalan Pakem dan sekolah B di Jalan Jati, Kotabaru. Namun pada Agresi Militer I tepatnya 21 Juli 1947, sekolah diliburkan selama 3 bulan karena gedung sekolah dimanfaatkan menjadi markas pejuang.
Selanjutnya setelah agresi militer berakhir dan sekolah kembali dibuka, secara berlimpah murid berdatangan hingga dibuka sekolah darurat dan sekolah pejuang di tahun ajaran 1947/1948.
Tak sampai di situ, pada Agresi Militer II tanggal 19-20 Desember 1948, gedung sekolah diambil Belanda untuk markas tentaranya. Sekolah lantas ditutup dan banyak murid yang memilih ikut andil dalam angkat senjata. Tak sedikit anggota Padmanaba yang terjun sebagai Tentara Pelajar yang melawan agresi militer Belanda. Beberapa nama anggota Padmanaba yang gugur adalah Suroto Kunto, Jokopramono, Sudiarto, Jumerut, dan lain-lain.
Sempat menjadi SMA IIIB di tahun 1956, lalu gedung berubah nama menjadi SMA Negeri 3 Yogyakarta di tahun 1964. Meski telah mengalami beberapa kali perbaikan dan penambahan, gaya khas bangunan zaman dulu masih kental dirasakan saat memasuki SMAN 3 Yogyakarta.