Ilustrasi Kraton Jogja (kratonjogja.id)
Setelah dikeluarkannya Amanat 5 September 1945 tersebut, para pendiri Indonesia mengeluarkan piagam penetapan dalam rangka penghormatan kepada dua Keraton Yogyakarta dan Paku Alaman yang ditandatangani Presiden RI, Ir Sukarno, yang sejatinya sudah dikeluarkan sejak 19 Agustus 1945.
Piagam penetapan pun secara resmi diserahkan pada Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Paku Alam VIII pada 6 September 1945. Isinya adalah,
”Piagam Kedudukan Sri Paduka Ingkeng Sinuwun Kangjeng Sultan Hamengku Buwono IX, Kami Presiden Republik Indonesia, menetapkan: Ingkeng Sinuwun Kangjeng Sultan Hamengku Buwono, Senopati Ing Ngalogo, Abdurrahman Sayidin Panotogomo, Kalifatullah Ingkang Kaping IX Ing Ngayogyakarta Hadiningrat, pada kedudukannya, dengan kepercayaan bahwa Sri Paduka Kangjeng Sultan akan mencurahkan segala pikiran, tenaga, jiwa dan raga, untuk keselamatan Daerah Yogyakarta sebagai bagian daripada Republik Indonesia.".
Selanjutnya pada 30 Oktober 1945, kedua pemimpin daerah tersebut mengeluarkan amanat kedua yang menyatakan bahwa pelaksanaan Pemerintahan di Daerah Istimewa Yogyakarta akan dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII secara bersama-sama Badan Pekerja Komite Nasional. Dengan adanya amanat dan piagam dari pusat, status hukum Yogyakarta berubah secara fundamental dari daerah swapraja menjadi Daerah Istimewa sesuai amanat Pasal 18 UUD 1945.